In Santpoort ging het verstand zo hoog, dat het contact met het gevoel verloren raakte: waanzin. Het gevoel ging zo diep, dat het contact met het verstand verloren raakte: krankzinnigheid. Hij moest terug uit de uitersten en een nieuw punt vinden waarin ze beiden hun waarde hielden, maar niet te ver konden doorschieten. Het lukte hem om een structuur te vinden voor zijn ziel.

  In de winter van 1953-54 duikt Anton onder op de zolder van Henri Boot. De inrichting zoekt hem, omdat ze vinden dat hij niet geschikt is voor de maatschappij. Hij begint met het schrijven van een boek over de beelden, die hij in Santpoort heeft ervaren. Gedurende enkele jaren werkt hij aan dit boek. "Het Systeem van Anton Heyboer" werd in 1975 in facsimile uitgegeven door Omega Boek, op initiatief van Herman Krikhaar.

  Links een pagina uit het boek "Alceste" van Anton Heyboer uit 1962. Rechts "Via mystica" uit 1360, van de mysticus Heinrich Suso. Beiden zoeken een structuur voor de oerbeelden van de ziel. In alle tijden hebben zieners en kunstenaars geprobeerd, om archetypen uit te beelden. Elke tijd heeft zijn eigen uitbeelding nodig, om de verbinding met de eigen ziel te vinden. Als het contact tussen het onbewuste met zijn beelden-structuur, en het bewustzijn, dat zich in het leven moet handhaven, verloren raakt, verliezen zowel individuen als de tijd zelf het contact met de waarden waarop zij steunen.

  Twee bladen uit het Systeem. Een uit de eerste helft: het ontwikkelen van de betekenissen: zij worden de figuren in Anton's werk. En een blad uit de tweede helft: het uitwerken van het Systeem met zijn 9 (plus 2) punten. Het systeem en de figuren zijn niet “bedacht”, het is de uitbeelding van wat uit de oergrond omhoog kwam.

Dit is het systeem in zijn uiteindelijke vorm. Hij moest de structuur terugvinden vanuit het eind (punten 5 en 6), waar hij terecht gekomen was. Maar die structuur begint aan de andere kant, waar door een evenwichtig begin (punten 1, 2 en 3) ook een evenwichtig eindresultaat kan ontstaan.

Anton begon werk te maken, gebaseerd op dit systeem - en de allereerste tentoonstelling hiervan werd een succes. Het Stedelijk Museum kocht 26 etsen aan en er werden 32 etsen naar Amerika verkocht.